No tiene nada que ver con la forma de "poner el owner". Es simplemente que IRcap da prioridad a la @ a la hora de mostrar un nick. No es que no tengas la ~ del modo +q, sino que IRcap al mostrar el nick pone la @ porque encuentra que tienes también el +o.
Como dice Red_Erik, si pruebas a quitarte la @ (-o) conservando la ~, puede que IRcap te muestre entonces tu nick con ~.