Si configuras la red, en el setup de IRcap (F3) -> Redes, y añades las máscaras de los bots en las casillas correspondientes, no serán afectados por la protección de flood.
Creo que tienes más info sobre esto en el manual de IRcap que hay en este foro, así como en la web de IRcap. Si no lo encuentras o no sabes que poner te lo explico más concretamente, pero tienes que decirme a qué red conectas.