El único otro comando que te puede servir para saber si alguien está conectado al servidor es /who. Prueba con ese.
Con el /whois, tendrías que interceptar el evento raw (numérico) de la respuesta del servidor y de esta manera evitar que mIRC/IRcap te muestren el mensaje. Pero realmente eso es una respuesta del servidor, así que rigurosamente hablando, no hay manera de evitarla. Como ya digo, sí se puede hacer que mirc no te la muestre, pero eso dejaré que otros con más tiempo y que les guste más el scripting te lo busquen.
Por aclarar lo de más rápido/al instante: no es posible, ya que por lógica hay que consultar al servidor si el usuario está o no, y es el servidor el que te da la respuesta, que tu ves en el IRcap como "XXX no está en el IRC. Consultando información WhoWas...". La única forma de estar informado en todo momento, es como te digo, usar el notify, en cuyo caso, el mIRC/IRcap sí que sabe internamente que el usuario está conectado.
Vuelvo a dejar esto en el scripting, Perdón por moverlo tanto.